Apollo 艦的突襲不但沒有制 止復制人的侵略野心他們反而弄了個帶星門有超空間發動機的衛星來到了Atlantis直 接攻擊A城迫使A城只有逃命的份了。而A城艦起飛后卻飛到了一個不知曉的區域能量 不足Weir博士被復制人光束擊中以后生命垂危軟泥把她身上殘余的復制人納米細胞激 活后得以生存。SAM正在修理‘星門跳躍中轉太空站’和代羅司號一起尋找失蹤的A城。