Charlie一位巴基斯坦籍同事被懷疑是基地成員，因為他曾將自已研究的成果通過互聯網發到巴基斯坦的幾所大學用于改良農作物的生長，但聯邦調查局卻懷疑他是把生化武器制作說明進行泄密。同時在洛杉磯的一個慈善基金組織也被懷疑是恐怖組織，這個基金的兩位成員被殺害，Charlie相信自己的同事是無罪，決定幫他把研究成果發送到巴基斯坦，這意味著他的忠誠調查取消，今后將無法幫助破案。Megan辭職了，她將回到學校去進修博士，同時換一份工作。